2012/13シーズン（2012年第36週/9月～2013年第35週/8月）は当初よりAH3亜型が主に検出され、2012年第47週以降増加し始めた。年末年始は一旦減少したが、2013年第2～4週をピークに再増加し、以降減少している（図１）。

2012年第36週～2013年第10週の累積では（図２）、AH1pdm09が28都道府県から70件、AH3亜型が47都道府県から3,198件（速報参照：横浜市）、B型はビクトリア系統株が20都府県から109件（速報参照：長野県）、山形系統株が30都道府県から175件（速報参照：広島県）、系統不明株が24都府県から104件報告されている。

2013年第5週～第9週の５週間では（図３）、AH1pdm09が11県から13件（神奈川県、山口県各２件、山形県、茨城県、千葉県、富山県、山梨県、愛知県、奈良県、和歌山県、広島県各1件）、AH3亜型が36都道府県から784件（神奈川県107件、北海道60件、鳥取52件、山形49件、長野県46件、茨城県45件、富山県41件、和歌山県37件、静岡県35件、福岡県34件、島根県33件、福井県23件、東京都20件など）、B型はビクトリア系統株が12都府県から39件（広島県12件、長野県7件、大阪府5件、高知県、熊本県各4件、東京都、富山県、石川県、岐阜県、兵庫県、和歌山県、岡山県各1件）、山形系統株が23都道府県から96件（広島県21件、三重県11件、長野県9件、神奈川県8件、富山県5件、千葉県、新潟県、岐阜県、愛知県各4件、福井県、山梨県、兵庫県、福岡県各3件など）、系統不明株が15都府県から60件（静岡県16件、鳥取県9件、和歌山県7件、神奈川県5件、茨城県、東京都、山口県各4件、石川県、奈良県、広島県各2件など）報告されている。

このうち、輸入例からの検出が1件（B型山形系統株：フィンランド）報告されている。