2012/13シーズン（2012年第36週/9月～2013年第35週/8月）は当初よりAH3亜型が主に検出され、2012年第47週以降増加し始めた。年末年始は一旦減少したが、2013年第2週から再増加している（図１）。

2012年第36週～2013年第7週の累積では（図２）、AH1pdm09が21都道府県から51件、AH3亜型が45都道府県から1,926件（速報参照：横浜市）、B型はビクトリア系統株が14府県から69件（速報参照：長野県）、山形系統株が23都道府県から101件（速報参照：広島県）、系統不明株が12都府県から32件報告されている。

2013年第2～6週の５週間では（図３）、AH1pdm09が12府県から22件（大阪府4件、愛知県、兵庫県各3件、 山形県、神奈川県、高知県各2件、宮城県、茨城県、長野県、岐阜県、三重県、島根県各1件）、AH3亜型が39都道府県から1,184件（神奈川県229件、茨城県89件、兵庫県61件、山形県53件、和歌山県52件、北海道51件、山梨県 47件、広島県44件、長野県43件、富山県42件、東京都41件、福岡県37件など）、B型はビクトリア系統株が13府県 から44件（広島県11件、長野県、愛知県各5件、滋賀県、大阪府各4件、兵庫県、和歌山県、高知県各3件、岐阜県2件、茨城県、静岡県、島根県、福岡県各1件）、山形系統株が22都道府県から85件（広島県24件、三重県10件、新潟県、愛知県、兵庫県5件、神奈川県、岐阜県、福岡県各4件、福井県、山梨県、大阪府各3件、埼玉県、富山県、和歌山県、山口県各2件など）、系統不明株が9都県から18件（沖縄県5件、神奈川県、広島県各3件、東京都2件、茨城県、福井県、奈良県、高知県、佐賀県各1件）報告されている。

このうち、輸入例からの検出報告はなかった。