出血熱ウイルス、アルボウイルス、神経ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、及びリケッチア・クラミジアについての基礎研究、これらの病原体に起因する感染症の実験室診断法の確立、疫学的研究、病態発現機構の研究、予防治療法の研究を行っている。ワクチン(天然痘、日本脳炎、狂犬病、水痘帯状疱疹)の検定や検査を、また、これらの標準品の作製と供給を行っている。第二室は WHO の日本脳炎レファレンスラボに指定されている。

第一室（外来性ウイルス室）

• ウイルス性出血熱 (エボラ出血熱、マールブルグ病、ラッサ熱、クリミア・コンゴ出血熱等) 及び天然痘の実験室診断法の開発及びウイルス学的研究
• 重症熱性血小板減少症候群に関する研究
• 重篤な新興、再興ウイルス感染症の実験室診断法および予防法の開発
• ポックスウイルスのレファレンス業務

第二室（節足動物媒介性ウイルス室）

• アルボウイルス感染症、特に日本脳炎、ダニ媒介性脳炎、デング熱、ジカウイルス病、チクングニア熱の診断法確立
• アルボウイルスの分子疫学的研究
• アルボウイルス感染により誘導される免疫応答に関する研究
• 日本脳炎ワクチンの品質管理に関する研究
• 黄熱ワクチンの品質管理に関する研究
• アルボウイルスのレファレンス業務

第三室（神経系ウイルス室）

• 狂犬病ウイルスの病原性に関する研究
• 新規狂犬病ワクチンの開発及び現行ワクチンの品質管理に関する研究
• 進行性多巣性白質脳症の実験室診断に関する研究
• 神経親和性ブニヤウイルス感染症の実験室診断に関する研究

第四室（ヘルペスウイルス室）

• ヒトヘルペスウイルス感染症の予防、治療、診断に関する研究
• ヒトヘルペスウイルスの増殖、遺伝子発現、病原性に関する研究
• ヒトヘルペスウイルスの分子及び血清疫学的研究
• 薬剤耐性ヘルペスウイルス感染症の診断・治療に関する研究
• 水痘帯状疱疹ウイルスワクチンと抗原の品質管理に関する研究

第五室（リケッチア・クラミジア室）

• リケッチア及びクラミジア疾患の血清及び病原体診断法の確立
• リケッチア及びクラミジアの分子及び血清疫学的研究
• リケッチア及びクラミジア関連疾患の病態形成機序に関する研究
• リケッチア及びクラミジアのレファレンス業務