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National genomic surveillance integrating standardized quantitative susceptibility testing clarifies antimicrobial resistance in Enterobacterales
Kayama S, Yahara K, Sugawara Y, Kawakami S, Kondo K, Zuo H, Kutsuno S, Kitamura N, Hirabayashi A, Kajihara T, Kurosu H, Yu L, Suzuki M, Hisatsune J, Sugai M
Nat Commun. 2023 Dec 5;14(1):8046.
doi: 10.1038/s41467-023-43516-4.
日本全国を対象とした薬剤耐性菌のサーベイランスとして厚生労働省院内感染対策サーベイランス事業JANISがある。JANISは3,000以上の参加医療施設で分離された細菌の薬剤感受性データを集計しているが耐性菌の遺伝情報を得ることはできない。そこで、日本における薬剤耐性菌の実態をゲノムレベルで明らかにすることを目的として、JANISにリンクして耐性菌を収集する日本初の全国ゲノムサーベイランスを実施した。その結果、4,195株のゲノム情報と、統一規格にて再測定されたMIC値を公開した。この研究により、大腸菌、肺炎桿菌の第三世代セファロスポリン耐性メカニズムの完全な分類が可能となり、その過程で各blaCTX-MやAmpC β-ラクタマーゼを保有するプラスミドの特徴を明らかにした。また、3つの主要なカルバペネマーゼ遺伝子をコードする183個の完全長プラスミド塩基配列を解析し、レプリコンの種類、菌種の関係を明らかにすると共に、その地理的分布についての洞察が得られた。この研究は、抗菌薬耐性のより深い理解を得る上で今後の世界標準となる指標を示すと共に、薬剤耐性菌の脅威と戦うための戦略開発に貴重な情報を提供した。
本研究は、独立行政法人 日本医療研究開発機構（AMED）の「新興・再興感染症研究プログラム」（助成番号：JP23fk0108604）の支援を受けて実施された。
続きを読む: 標準化した薬剤感受性検査を加えたナショナル・ゲノムサーベイランスにより明らかになった腸内細菌目細菌の薬剤耐性
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Antimicrobial use and combination of resistance phenotypes in bacteraemic Escherichia coli in primary care: a study based on Japanese national data in 2018
Yumiko HOSAKA, Yuichi MURAKI, Toshiki KAJIHARA, Sayoko KAWAKAMI, Aki HIRABAYASHI, Masahiro SHIMOJIMA, Hiroki OHGE, Motoyuki SUGAI, Koji YAHARA
Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2023;, dkad379,
プライマリケア（診療所）における抗菌薬使用は薬剤耐性菌出現の寄与因子である。本研究は、2018年の全国の診療所データと厚生労働省院内感染対策サーベイランス（JANIS）データ、診療報酬に基づく抗菌薬使用データを利用し、抗菌薬使用と血液から大腸菌が分離された患者の中で複数の抗菌薬に耐性を示す菌の割合を診療所と病院の外来診療で比較した。マクロライド系抗菌薬を除き、経口第三世代セファロスポリン系とフルオロキノロン系の抗菌薬使用は外来抗菌薬の中で最も多く、診療所は病院の少なくとも3倍以上であり、2剤に耐性の大腸菌の割合は、診療所が病院と比べて5.6％高かった事から、診療所の抗菌薬使用による薬剤耐性への影響が示唆された。
本研究は，厚労科研補助金（課題番号：22HA1002）の支援を受けて実施された。
続きを読む: 2018年の全国データを基にしたプライマリケアにおける抗菌薬使用と菌血症を起こした大腸菌での薬剤耐性表現型の組み合わせに関する研究
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Protective effect of previous infection and vaccination against reinfection with BA.5 Omicron subvariant: a nationwide population-based study in Japan
Noriko Kitamura, Kanako Otani, Ryo Kinoshita, Fangyu Yan, Yu Takizawa, Kohei Fukushima, Daisuke Yoneoka, Motoi Suzuki, Taro Kamigaki
Lancet Regional Health – Western Pacific
DOI: 10.1016/j.lanwpc.2023.100911
SARS-CoV-2のオミクロン変異株は、免疫逃避能を持つことが知られる。ワクチン及び既感染から得られる免疫の理解は、効果的な感染制御戦略につながる。2022年9月25日までにHER-SYSに登録された全症例を対象にBA.5再感染に対する先行感染の予防効果を症例人口対照研究を用いて推定した。再感染予防効果は、武漢株で46％、アルファ株で35％、デルタ株で41％、BA.1/BA.2亜型で74％であった。さらに、年齢、性別、先行感染の変異株、および最終ワクチン接種からの期間で調整したコックス比例ハザードモデルにより推定されたワクチン接種の再感染予防効果は、1回接種と比較して、2回、3回、4回接種でそれぞれ7％、33％、66％であった。本研究により、過去に感染した集団における将来の再感染予防には、効果が持続する期間内でのワクチン追加接種が推奨されうることが示唆された。
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National seroepidemiological study of COVID-19 after the initial rollout of vaccines: Before and at the peak of the Omicron-dominant period in Japan
Takeshi Arashiro*, Satoru Arai*, Ryo Kinoshita, Kanako Otani, Sho Miyamoto, Daisuke Yoneoka, Taro Kamigaki, Hiromizu Takahashi, Hiromi Hibino, Mai Okuyama, Ai Hayashi, Fuka Kikuchi, Saeko Morino, Sayaka Takanashi, Takaji Wakita, Keiko Tanaka-Taya, Tadaki Suzuki†, Motoi Suzuki
(*These authors contributed equally; †corresponding author)
Influenza and Other Respiratory Viruses doi: 10.1111/irv.13094
新型コロナワクチン導入後のオミクロン流行前（2021年12月）およびオミクロン（BA.1/BA.2）流行のピーク（2022年2-3月）に、5都府県16,296名を対象として人口ベースの血清疫学調査が行われた。抗N抗体（感染のみで誘導）保有割合はオミクロン流行前には2.2%（95% CI 1.9-2.5）、BA.1/BA.2のピークには3.5%（3.1-3.9）であった。オミクロン流行前の我が国の抗体保有割合は、米国（33%）、英国（25%）、世界（45%）と比較して1/10未満であったが、多くの者がワクチンにより抗体（抗S抗体）を獲得していた。全体の疾患負荷は低かったが、都心居住者、若年者、ワクチン未接種、特定の職種（介護従事者・保育従事者・飲食業従事者）等は累積感染歴と高い相関を示した。
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Oral and Rectal Colonization by Antimicrobial-Resistant Gram-Negative Bacteria and Their Association with Death among Residents of Long-Term Care Facilities: A Prospective, Multicenter, Observational, Cohort Study
Kajihara T, Yahara K, Yoshikawa M, Haruta A, Kawada-Matsuo M, Le NT M, Arai C, Takeuchi M, Kitamura N, Sugawara Y, Hisatsune J, Kayama S, Ohta K, Tsuga K, Komatsuzawa H, Ohge H and Sugai M
Gerontology. 2022: Oct 6;1-12.
長期療養施設（介護老人保健施設（保健施設）、特別養護老人ホーム（特養））は、JANIS等のサーベイランスが及んでおらず、薬剤耐性の実態が不明であり、国の薬剤耐性アクションプランにおける動向調査の強化対象となっている。保健施設3施設と特養3施設の入所者計178名の口腔と直腸の耐性菌保菌調査を行った。検出菌の全ゲノム解析を行い、経過の追えた146名の臨床情報・予後との関連を解析した。その結果、入所者の便検体の42.7%（保健施設28.4%, 特養51.4%）からESBL産生菌が分離された。また、ESBL産生菌と緑膿菌の分離頻度は経腸栄養実施者で有意に高かった。さらに、予後との関連解析の結果、ESBL産生菌の保菌は死亡率と関連しない一方、緑膿菌の保菌は有意に死亡率と関連することが明らかになった。
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COVID-19 vaccine effectiveness against symptomatic SARS-CoV-2 infection during Delta-dominant and Omicron-dominant periods in Japan: a multi-center prospective case-control study (FASCINATE study)
Takeshi Arashiro, Yuzo Arima, Hirokazu Muraoka, Akihiro Sato, Kunihiro Oba, Yuki Uehara, Hiroko Arioka, Hideki Yanai, Jin Kuramochi, Genei Ihara, Kumi Chubachi, Naoki Yanagisawa, Yoshito Nagura, Yasuyuki Kato, Akihiro Ueda, Akira Numata, Hideaki Kato, Koji Ishii, Takao Ooki, Hideaki Oka, Yusuke Nishida, Ashley Stucky, Chris Smith, Martin Hibberd, Koya Ariyoshi, Motoi Suzuki
Clinical Infectious Diseases doi: 10.1093/cid/ciac635
新型コロナワクチンの有効性においては、免疫の減衰や免疫逃避能をもつ変異株の出現が懸念されている。そこで、国内16医療機関の協力のもと、症例対照研究を実施し、有効性（発症予防効果）を検討した。推定された有効率は、デルタ株流行期においては、2回接種後14日-3ヶ月では88%（95％信頼区間（CI）82-93）、2回接種後3-6ヶ月では87%（95%CI 38-97）であった。オミクロン株（BA.1/BA.2）流行期においては、2回接種後14日-3ヶ月では56%（95％CI 37-70）、2回接種後3-6ヶ月では52%（95%CI 40-62）、2回接種後6ヶ月以降では49%（95%CI 34-61）であった。3回（ブースター）接種後14日以降では74%（95%CI 62-83）まで回復した。重症化リスクの高い者（65歳以上または基礎疾患あり）に限定した解析およびマスク着用状況とリスク行動の有無でさらに調整した解析においても、結果は同様であった。
